يهدف برنامج المدن الصحية إلي النهوض بصحة السكان بحيث يساهم في رفع مستوى الخدمات والظروف الصحية والبيئية في المدن ومن أبرز هذه الأهداف ما يلي:-
1. زيادة الوعي بالقضايا الصحية والبيئية في إطار جهود التنمية البيئية0
2. استقطاب دعم ومشاركة المجتمع في معالجة مشاكل وإعداد وتنفيذ الأنشطة والمشروعات الصحية والبيئية0
3. دعم وتعزيز قدرة المحافظات والإمارات في التصدي للمشاكل الصحية والبيئية بالمدن باستخدام أسلوب المشاركة والتعاون بين كافة أفراد المجتمع